現在、特定派遣として働いているのですが・・・

Taku社内SE・情シス

　私は以下のようなキャリアで、

　①日系ユーザー系SIer
　②フリーランス
　③日系中小Sier
　④日系不動産会社情報システム部員
　⑤日系建設機械メーカー情報システム部員
　⑥外資系コンサルティングファームITエンジニア
　　※なぜかここがキャリアの半分近いです。　　　
　⑦日系制御メーカーITアーキテクト

約20年にわたりITエンジニアのキャリアを積み上げてきました。
勿論、会社への帰属意識は皆無で、会社なんて自分自身が意味ある経験がつめるか、割に合う待遇かどうか程度の意識です。
その経験で言えることは、

　メリット：
　　①腰を落ち着けることが出来る。
　　②基本的に出来る人間がいない為、自分自身のスキル次第でチャンスはある。
　　③他職種に異動も可能。
　デメリット：
　　①少なくとも日本企業のIT的に学べることは殆どない。
　　②日本企業の場合、中途は既存プロパーほどの評価を受けることは無く、
　　　既存プロパーが出来ないことを片づける汚れ役を覚悟する必要がある。
　　③基本的に日本企業の場合、情報システム部は扱いが低い。
　　④例外的な企業を除き、日本企業の場合、ITスキルが評価されることが少ない。

です。
その中でどうしても社内SEになりたいなら、ベストは外資系企業の社内SEです。
勿論、外資系企業の社内SEは全般的に日本企業より厳しいです。
但し、日本企業より理不尽なことは少なく、実績ベースの評価が基本ですし、待遇は良いです。
もうすぐ特定派遣は無くなる為、前向きなステップを踏み出して頂けたら幸いです。

スパノバネットワークエンジニア

私は現在、小さな会社の社内SEとして働いていますが、前職では質問者様同様、客先へ出向していました。
その現場では正社員と何ら変わらない業務を任されていましたし、正社員も出向者も分け隔てなく本当にいい関係を築けていて、最高の現場でした。なので余計に自社に帰属意識はなかったです。
しかし、クライアント先の都合で、その会社の全国の出向社員全員が契約終了となり、やむを得ず自社に戻らないといけない状況になりましたが、自社に戻るほど愛社精神もなかったですし、今後いろんな会社に出向させられることを考えると1社に落ち着きたいという思いから、契約終了とともに自社は退社しました。

現在は、小さな会社なので私一人で会社のシステムすべてを管理しています。
アプリ開発だけでなくFWやルーター、サーバーなどのインフラから基幹システム、社員に貸与しているモバイル、さらに複合機など、何でもかんでもネットワークにつながるもので何かあれば、私の経験に関わらず全て私にトラブル対応や質問や要望が飛んできます。なので以前の会社にいたころよりも幅広い経験ができています。

私はいろいろなことができる今の環境をとても気に入っていますが、
社内SEはアプリ開発だけ、とかインフラだけ、と何かに特化することができないですし、
会社によってはSEの業務を一部外注していたりもしますので、
やりたいことがはっきりしていたり、特定のスキルを高めたいという方には向かないお仕事だと思います。

本郷洋ITコンサルタント

私も以前、特定派遣から社内ＳＥへ転職したことがあります。
正社員として６５歳まで働くという前提で、ご自身のキャリアを考えるならば、社内ＳＥの方が大きなメリットがあります。仕事で実績を挙げていけば、ポジション面ではリーダークラスからマネージャークラスへ昇進する道がありますし、場合によっては４０代の年齢で部長クラスに昇進できるかもしれません。しかし、特定派遣という立場であれば、一生現場の兵隊として働かなければなりません。
また、社内ＳＥのメリットとしては、仕事上のさまざまな最新情報に接することができる点を挙げることができます。会社に関する情報や、技術に関する情報などさまざまな情報です。特定派遣ですと、情報から隔離された状態となってしまい、デメリットが大きいと思います。
そして社内ＳＥとして働くということは、同じ会社の社員たちとチームを組んでプロジェクトに取り組むということですので、社員同士で連帯感を持って、開発に取り組めます。特定派遣と異なり孤独感とは無縁の世界です。
一方、社内ＳＥになった場合のデメリットとしては、能力の高い人材は現場から離れて管理職に昇進するという点であり、管理職として原価計算業務（人件費管理）をしたり、プロジェクトが赤字プロジェクトとならないよう気を配らなければならないことだと思います。ずっとプログラマの仕事をしたいと願っている優秀な人にとっては、この点がデメリットです。